僕もそれはよくやったことがあります。赤インクもしばらくしたら薄い赤になります。
そもそも、黒インクはイエロー、マゼンタ、シアンの三原色を全て混ぜたものです。
それぞれのインクは染み込みやすさが違い、紙ではうまいこと染み込んで黒く見えますが、
消しゴムだと紙ほどは染み込まないので、黒より少し薄い青紫のような色になります。
ちなみにフェルトペンのインクでも同じことが言えます。ボールペンは水性も油性も同じことがおきます。
黒の色素というものは存在しないので、三原色を混合するしかないのです。
なので、なんらかの具合で色が微妙に分離してしまいます。その身近な例が消しゴムです。
また、ものすごく分離させる方法があります。水でぬらした濾紙に、ボールペンのインクをたらします。
すると、すごく分離します。これを液体クロマトグラフィーといいます。この実験を中学理科でやってるところもあるようです。